17 yaşındaki Codename 13, hayatının bir dönüm noktasına doğru ilerliyor. Suikast alanındaki ustalığını büyük bir başarıyla pekiştiren 13, Gölge adlı gizli suikast kolektifinin en değerli üyesidir. Ancak, Japonya’da gerçekleştirilen bir görevde yaptığı hata, onu akıl hocası Umbra’nın korumasından mahrum bırakır ve Endonezya’nın Cakarta şehrine sürgün edilmesine neden olur. Cakarta’nın karanlık sokaklarında saklanmaya çalışırken, annesini acımasız bir suç çetesi tarafından kaçırılan 11 yaşındaki Monji ile karşılaşır. Monji’nin hayatta kalma mücadelesi, 13’ün içinde bastırılmış olan vicdanını uyandırırken, aralarındaki bağ giderek güçlenir. Fakat Monji bir gün ansızın kaybolduğunda, 13, onu kurtarmak için harekete geçer. Bu karar, yalnızca suç örgütlerine karşı bir meydan okuma değil, aynı zamanda Gölge’ye ve Umbra’ya karşı da bir savaş açması anlamına gelir. Artık, her türlü engeli acımasızca aşmaya kararlıdır. Kendi karanlık geçmişiyle yüzleşirken, Monji’yi kurtarmak için tüm fedakarlıkları göze alacak ve içindeki korkuları bir kenara iterek savaşa girecektir. Her şeyini riske atarak, Monji’nin hayatını kurtarmak için tek bir amaç uğruna savaşmak zorundadır.